Waisama ligt op Boeroe, een groot eiland aan de uiterste westkant van de Ambonse eilanden. Het eiland stond in de eerste helft van de 17de eeuw officieel onder indirect bestuur van de Sultan van Ternate. In tegenstelling tot West-Seram had de VOC er in deze periode weinig bemoeienis mee. Wel werd het door tegenstanders van het VOC-monopoliebeleid, bijvoorbeeld de Makassaren, vaak gebruikt als steunpunt en verstopplaats wanneer ze kwamen handelen en/of vechten in de Ambonse eilanden. Om die reden organiseerde de VOC regelmatig expedities naar het eiland, in de hoop zulke vloten te vinden en te vernietigen. In 1657 kwam Waisama, net als heel Boeroe, officieel onder bestuur van de VOC toen het indirecte Ternataanse bestuur werd afgeschaft, hoewel de VOC er ook daarna maar nauwelijks directe invloed had.
