Fort Saboga werd waarschijnlijk oorpronkelijk gebouwd door de Portugezen. Rond 1608 werd het ingenomen door de Nederlanders, die het op hun beurt in 1611 verloren aan de Spanjaarden, die in de Molukken in conflict waren met de VOC. In 1663 verlieten de Spanjaarden de Molukken. De Nederlanders namen het fort weer in, maar verlieten het korte tijd later.
